Odsłonięcie procesu mikrobiologicznego mikroRNA (miRNA) procesu patofizjologicznego choroby zwyrodnieniowej stawów (OA) w chrząstce

Znalezione obrazy dla zapytania zwyrodnienie stawówMetody

Przeprowadziliśmy sekwencjonowanie RNA w 130 próbkach (n = 35 i n = 30 par odpowiednio dla informacyjnego RNA (mRNA) i miRNA) na makroskopowo zakonserwowanej i uszkodzonej chrząstce OA tego samego pacjenta i przeprowadzono analizę ekspresji różnicowej (DE) miRNA i mRNA. Aby zbudować specyficzny dla OA synomiel miRNA, zastosowano schemat priorytetyzacji oparty na odwrotnych korelacjach Pearsona i odwrotnej DE miRNA i mRNA. Następnie zostały one przefiltrowane przez te obecne w przewidywanych (TargetScan / microT-CDS) i / lub sprawdzonych eksperymentalnie (miRTarBase / TarBase) publicznych bazach danych. Przeprowadzono analizę wzbogacania szlaku w celu wyjaśnienia szlaków związanych z OA, w których pośredniczyły mechanizmy regulujące miRNA.

Wyniki

Stwierdzono różnicę ekspresji 142 miRNA i 2387 mRNA między uszkodzoną i zachowaną chrząstką stawową OA. Po zastosowaniu priorytetów w kierunku prawdopodobnych celów miRNA-mRNA, stworzono sieć regulacyjną 62 miRNA nakierowanych na 238 mRNA. Późniejsza analiza wzbogacania tych mRNA (lub genów) wyjaśniła, że ​​w genach w obrębie „rozwoju układu nerwowego” prawdopodobnie pośredniczą mechanizmy regulacji miRNA (błąd rodzinny = 8,4 × 10-5). Tutaj NTF3 koduje neurotrofinę-3, która kontroluje przeżycie i różnicowanie neuronów i jest ściśle związana z czynnikiem wzrostu nerwów.

Wnioski

Dzięki zintegrowanemu podejściu do miRNA i danych dotyczących sekwencjonowania mRNA chrząstki OA, wyjaśniono interakcje miRNA z miRNA i pokrewne szlaki. Nasze dane funkcjonalne wykazały poziomy interakcji, przy których miRNA wpływa na ekspresję genów w chrząstce i ilustruje złożoność funkcjonalnego sprawdzania poprawności sieci genów, które mogą być celem wielu miRNA.
[patrz też: triathlon dąbrowa górnicza, ćwiczenia na spostrzegawczość, ścięgno achillesa rehabilitacja ]

Dodaj komentarz